病害问题是困扰水产养殖的首要问题。在养殖过程中操控病害的发作首要可以从以下两方面思考：一方面按捺致病菌的添加，削减疾病发作的时机；另一方面进步养殖动物的免疫力，增强对疾病的反抗才能。芽孢杆菌在这两方面均表现出必定的效果。拮抗是微生物之间普遍存在的自然现象。在同一生态位中微生物经过养分竞赛、空间竞赛或分泌抗生素、细菌素等按捺其他微生物成长，当有利菌在消化道内占优势构成细密的膜菌群时，就可以按捺消化道粘附的病原菌，从而有助于树立正常的有利微生物区系，扫除或操控潜在的病原体。芽孢杆菌的益生效果即是根据这个机制发生的。Sugita等从近海鱼类体内别离出1株具有较强抗菌活性的芽孢杆菌，进一步研讨发现其能发生一种热不稳定铁载体与病原菌竞赛铁。Gatesoupe等研讨以为芽孢杆菌可以经过释放抗生素按捺病原菌成长。芽孢杆菌还可以进步机体的细胞免疫和体液免疫，如进步干扰素和巨噬细胞的活性，影响发生非特异性免疫因子等。

很多的研讨标明，饲用芽孢杆菌具有拮抗肠道病原菌、进步防病才能的效果。芽孢杆菌在其成长过程中可以发生乙酸、丙酸、丁酸等挥发性脂肪酸，这些酸类能下降动物肠pH值，可有用按捺病原菌成长，一起经过生物夺氧耗费肠道内的氧气形成厌氧环境，有利于肠道客籍优势菌繁殖，保持肠道正常生态平衡。Rengpipat等用含芽孢杆菌S11的饲料投喂斑节对虾，养殖100d后，将虾放入富含虾病原Vibrio harveyi的水体中浸泡10d，结果标明，用含芽孢杆菌饲料喂食的虾成活率为100％，而对照组的成活率仅为26％。潘康成等报导，在水体中泼洒枯草芽孢杆菌能显著地进步南美白对虾（Penaeus vannamei）育苗成活率，下降病死率，试验组的均匀成活率比对照组进步了31.05％。
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